Après sept ans d'incarcération, Mario (Jean-Marie Bigard) retrouve sa liberté. Afin d'échapper à ses anciens complices de crimes, il demande de l'aide à son frère Patrick (Doudi Strajmayster), un curé qui lui propose de rejoindre le Père Étienne dans un petit village de l'Ardèche. À son arrivée, Mario est reçu en sauveur : le Père Étienne étant décédé, les villageois le prennent pour son remplaçant.
Lorsque l'ex-taulard Mario, incarné par l'humoriste Jean-Marie Bigard, se retrouve portant la soutane à la place d'un prêtre, on s’attend à une heure et demie de gags retentissants. Cette mission est accomplie : les blagues s'enchaînent à un rythme soutenu, laissant à peine le spectateur reprendre son souffle avant de frapper à nouveau et Jean-Marie Bigard assène des répliques mordantes d'un air de truand insensible et d'une voix monocorde. Mais ce qui commence comme une comédie noire écorchant les sujets chauds de l'heure prend soudain une tournure humaniste : le Père Mario a la tête sur les épaules et semble être la seule personne du village capable de faire un raisonnement moral. S'ensuit alors une série de clichés ennuyants, comme la transformation du curé Patrick en extravagant drogué charismatique.
En somme, Le missionnaire nous arrache plusieurs rires et sourires, mais déborde de bons sentiments sucrés rendant certaines scènes indigestes.
